इंद्रायणी नदीत पिंपरी-चिंचवड हद्दीतून रसायन व मैलामिश्रित सांडपाणी थेट नदीत सोडले जात असल्याने नदीचे पात्र असे फेसाळले आहे.
तीर्थक्षेत्र आळंदीतील भाविकांचे श्रद्धास्थान असलेल्या पवित्र इंद्रायणी नदीला जलप्रदूषणाने ग्रासले असून, नदीला जलप्रदूषणासह जलपर्णीचा विळखा पडला आहे. पिंपरी-चिंचवड महापालिका आणि राज्य प्रदूषण नियंत्रण मंडळाचे प्रदूषण करणाऱया घटकांवर अंकुश राहिला नसल्याने पिंपरी-चिंचवड हद्दीतून इंद्रायणी नदीतून नगरपरिषदेच्या पाणी साठवण बंधाऱयाचे प्रदूषित पाणी येत आहे. इंद्रायणी नदीवरील पाणी साठवण बंधाऱयाचे अनेक ठिकाणी दगड निखळले आहेत. तीर्थक्षेत्र विकास आराखडय़ातून इंद्रायणी नदीचे वाढते प्रदूषण रोखण्याची उपाययोजना करण्याची मागणी आळंदी जनहित फाऊंडेशनने राज्य सरकारकडे केली आहे.