राष्ट्रपती राजवटीमुळे प्रशासकीय कामकाजावर कोणताही परिणाम होऊ नये यासाठी आता सर्व कारभार राज्यपाल व मुख्य सचिवांच्या हाती आला आहे. प्रशासकीय पातळीवरील सह सचिवांपासून ते सनदी अधिकारी, पोलीस अधिकारी, जिल्हाधिकाऱ्यांपर्यंत बदल्यांचे अधिकार राज्यपालांकडे देण्यात आले आहेत. मंत्रीस्तरावरील सर्व प्रकरणे निकाली काढण्याबरोबरच राज्यातील कायदा व सुव्यवस्थेचा आढावा राज्यपाल व मुख्य सचिवांकडून घेणार आहेत.
राष्ट्रपती राजवटीमुळे सरकारी कार्यालयातील प्रशासकीय कामकाजावर परिणाम झाला आहे. सरकारच अस्तित्वात आले नसल्याने प्रशासकीय पातळीवरील निर्णय कोणी घ्यायचे, असा प्रश्न निर्माण झाला आहे. त्यामुळे राज्याच्या कामकाजावर कोणताही परिणाम होऊ नये म्हणून राज्याच्या कारभाराची सर्व सूत्रे राज्यपाल व मुख्य सचिवांच्या हाती सोपवण्यात आली आहेत. तसे आदेशच मुख्य सचिव अजोय मेहता यांनी बुधवारी काढले आहेत. भारतीय राज्यघटनेच्या कलम 166 नुसार राष्ट्रपतींच्या सूचनेनुसार राज्याचे राज्यपाल भगतसिंग कोश्यारी यांना काही विशेष अधिकार देण्यात आले आहेत.
